Doç. Dr. Emrah Nikerel

Emrah Nikerel

Doç. Dr.

Emrah Nikerel

emrah.nikerel@yeditepe.edu.tr

Mühendislik Fakültesi

Bölüm
  • Genetik ve Biyomühendisliği Lisans Programı
  • Gıda Mühendisliği Lisans Programı
  • Biyoteknoloji Yüksek Lisans Programı
  • Biyoteknoloji Doktora Programı
Akademik Görevler
  • 2014
    YARDIMCI DOÇENT

    YEDİTEPE ÜNİVERSİTESİ

    YEDİTEPE ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ GENETİK VE BİYOMÜHENDİSLİK BÖLÜMÜ GENETİK VE BİYOMÜHENDİSLİK PR. (İNGİLİZCE) (TAM BURSLU)

  • 2013
    YARDIMCI DOÇENT

    BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİ

    BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİ FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ GENETİK VE BİYOİNFORMATİK BÖLÜMÜ GENETİK VE BİYOİNFORMATİK PR. (İNGİLİZCE) (ÜCRETLİ)

  • 2009
    ARAŞTIRMA GÖREVLİSİ

    Technische Universiteit Delft

  • 2004
    ARAŞTIRMA GÖREVLİSİ

    Technische Universiteit Delft

    BioProcess Engineering

  • 2001
    ARAŞTIRMA GÖREVLİSİ

    BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ

    BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ

Öğrenim Bilgisi
  • 1996-2001
    Lisans

    BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ

    MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ PR. (İNGİLİZCE)

  • 2001-2003
    Yüksek Lisans

    BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ

    FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ KİMYA MÜHENDİSLİĞİ (YL) (TEZLİ)

    Tez adı: Statistical optimization of the production of TagI endonuclease by recombinant E. coli cells using response surface methodology

  • 2004-2009
    Doktora

    University of Technology Delft

    Biyoteknoloji

    Tez adı: Managing complexity of cellular systems theoretical tools for dynamic modeling of metabolic reaction networks

Kitaplar

  • Wheat Improvement, Management and Utilization

    ÇAKMAKÇI RAMAZAN,TURAN METİN,Kitir Nurgul,GÜNEŞ ADEM,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR,YILDIRIM ERTAN,OLGUN MURAT,topçuoğlu bülent,tüfekçi şefik,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,Tarhan Leyla,Mokhtari Negar Ebrahim, Yayın Yeri: World’xxs largest Science,Technology MedicineOpen Access book publisher, Sayfa Sayısı: 394, ISBN: 978-953-51-3152-6

    2017 Bilimsel Kitap

  • Microbial Strategies for Vegetable Production

    TURAN METİN,YILDIRIM ERTAN,KITIR NURGÜL,ÜNEK CEREN,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR,MOHKTARI NEP, Yayın Yeri: Springer, Cham, Sayfa Sayısı: 226, ISBN: 978-3-319-54401-4

    2017 Bilimsel Kitap

  • Enzyme Inhibitors and Activators

    TURAN METİN,NİKEREL İLKEM EMRAH,Kaya Kerem,Kıtır Nurgül,GÜNEŞ ADEM,Pour Mokhtari Negar Ebrahim,TÜFENKCİ ŞEFİK,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,ÇİMRİN KERİM MESUT, Yayın Yeri: INTECH, Sayfa Sayısı: 15, ISBN: 978-953-51-4887-6

    2017 Bilimsel Kitap

  • Wheat Improvement, Management and Utilization

    ÇAKMAKÇI RAMAZAN,TURAN METİN,Kıtır Nurgül,GÜNEŞ ADEM,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR,YILDIRIM ERTAN,OLGUN MURAT,TOPCUOĞLU BÜLENT,TÜFENKCİ ŞEFİK,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,Tarhan Leyla,Pour Mokhtari Negar Ebrahim, Yayın Yeri: INTECH Open University Press, Sayfa Sayısı: 15, ISBN: 978-953-51-4828-9

    2017 Bilimsel Kitap

  • Biyomedikal Mühendisliğinin Temelleri

    ÇAKIR TUNAHAN,NİKEREL İLKEM EMRAH, Yayın Yeri: Nobel Kitap, Sayfa Sayısı: , ISBN: 978-605-133-943-6

    2014 Ders Kitabı

  • Wheat Improvement, Management and Utilization

    ÇAKMAKÇI RAMAZAN,TURAN METİN,KITIR NURGÜL,GÜNEŞ ADEM,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR,YILDIRIM ERTAN,OLGUN MURAT,TOPCUOĞLU BÜLENT,TÜFENKÇİ ŞEFİK,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,TARHAN LEYLA,POUR MOKHTARİ NEGAR EBRAHIM, Yayın Yeri: INTECH Open, Sayfa Sayısı: 392, ISBN: 978-953-51-3151-9

    2017 Bilimsel Kitap

  • Microbes for Legume Improvement

    TURAN METİN,Kıtır Nurgül,ELKOCA ERDAL,URAS Deniz,ÜNEK AYŞE CEREN,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR,Tarhan Leyla,EŞİTKEN AHMET,YILDIRIM ERTAN,Pour Mokhtari Negar Ebrahim,TÜFENKCİ ŞEFİK,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,GÜNEŞ ADEM, Yayın Yeri: Springer International Publishing AG, Sayfa Sayısı: , ISBN: 978-3-319-59173-5

    2017 Bilimsel Kitap

  • Microbes for Legume Improvement

    TURAN METİN,KTIR NURGÜL,ELKOCA ERDAL,URAS URAS D,UNEK UNEK C,NİKEREL İLKEM EMRAH,ÖZDEMİR ÖZDEMİR BS,TARHAN LEYLA,EŞİTKEN AHMET,YILDIRIM ERTAN,Mokhtari, NEP Mokhtari, NEP,TÜFENKÇİ ŞEFİK,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,GÜNEŞ ADEM, Yayın Yeri: Springer International Publishing, Sayfa Sayısı: , ISBN:

    2017 Bilimsel Kitap

  • Wheat Improvement, Management and Utilization

    ÇAKMAKÇI RAMAZAN,TURAN METİN,nurgül kıtır,GÜNEŞ ADEM,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR,YILDIRIM ERTAN,OLGUN MURAT,TOPCUOĞLU BÜLENT,TÜFENKCİ ŞEFİK,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,tarhan leyla,Mokhtari NE, Yayın Yeri: InTech, Sayfa Sayısı: , ISBN:

    2017 Bilimsel Kitap

  • Microbial Strategies for Vegetable Production.

    TURAN METİN,YILDIRIM ERTAN,KITIR NURGÜL,UNEK UNEK C,NİKEREL İLKEM EMRAH,ÖZDEMİR BS,TARHAN LEYLA,GÜNEŞ ADEM,Mokhtari, NE Mokhtari, NE, Yayın Yeri: Springer International Publishing, Sayfa Sayısı: , ISBN:

    2017 Bilimsel Kitap

  • Wheat Improvement, Management and Utilization

    ÇAKMAKÇI RAMAZAN,TURAN METİN,Kıtir Nurgül,GÜNEŞ ADEM,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR,YILDIRIM ERTAN,OLGUN MURAT,TOPCUOĞLU BÜLENT,Tüfenkçi Şefik,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,Tarhan Leyla,Mokhtari Negar Ebrahim Pour, Yayın Yeri: INTECH Open Science, Sayfa Sayısı: , ISBN:

    2017 Bilimsel Kitap

  • Enzyme Inhibitors and Activators

    TURAN METİN,kaya kerem,kitir nurgul,GÜNEŞ ADEM,Mokhtari negar ebrahim pour,tüfenkçi şefik,KARAMAN MEHMET RÜŞTÜ,ÇİMRİN KERİM MESUT,NİKEREL İLKEM EMRAH, Yayın Yeri: in tech, Sayfa Sayısı: 256, ISBN: 978-953-51-3057-4

    2017 Bilimsel Kitap

  • Systems Metabolic Engineering

    Nikerel Emrah, Verheijen Peter, van Gulik Walter, Heijnen Joseph, Yayın Yeri: Springer, Sayfa Sayısı: , ISBN: 978-94-007-4533-9

    2012 Bilimsel Kitap
Makaleler

  • Association of 5 ’UTR polymorphism of secretory phospholipase A2 group IIA (PLA2G2A) gene with prostate cancer metastasis

    Ozturk Kaan, Onal Meltem Selen, Efiloglu Ozgur, NİKEREL İLKEM EMRAH, YILDIRIM ASIF, TELCİ TEMELTAŞ DİLEK, Yayın Yeri: GENE, 2020

    Uluslararası Hakemli SCI-Expanded Özgün Makale

  • A genome-scale metabolic network of the aroma bacterium Leuconostoc mesenteroides subsp. cremoris

    Özcan Emrah,Selvi Selvin,NİKEREL İLKEM EMRAH,Teusink Bas,TOKSOY ÖNER EBRU,ÇAKIR TUNAHAN, Yayın Yeri: Applied Microbiology and Biotechnology, 2019

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • MEDIUM OPTIMIZATION FOR PROTEASE PRODUCTION VIA MODERATELY HALOTOLERANT VIRGIBACILLUS PANTOTHENTICUS USING RESPONSE SURFACE METHODOLOGY

    BANGER Gizem,NİKEREL İLKEM EMRAH, Yayın Yeri: Eskişehir Teknik Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Dergisi - C Yaşam Bilimleri Ve Biyoteknoloji, 2020

    Ulusal Hakemli TR DİZİN Özgün Makale

  • Meta-analysis of transcriptome data on oxidative stress response in Saccharomyces cerevisiae cells underlines regulation of carbon, redox and glutathione metabolism

    Tanıl Ezgi,Şirin Burcu,NİKEREL İLKEM EMRAH, Yayın Yeri: Tarla Bitkileri Merkez Arastirma Enstitusu, 2020

    Ulusal Hakemli TR DİZİN Özgün Makale

  • Optimizing medium composition for TaqI endonuclease production by recombinant Escherichia coli cells using response surface methodology

    NİKEREL İLKEM EMRAH,TOKSOY ÖNER EBRU,Kırdar Betül,YILDIRIM RAMAZAN, Yayın Yeri: Process Biochemistry, 2005

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • A method for estimation of elasticities in metabolic networks using steady state and dynamic metabolomics data and linlog kinetics

    NİKEREL İLKEM EMRAH,van Winden Wouter,van Gulik Walter,Heijnen Joseph, Yayın Yeri: BMC Bioinformatics, 2006

    Uluslararası Hakemli SSCI Özgün Makale

  • Optimization of medium composition for biomass production of recombinant Escherichia coli cells using response surface methodology

    NİKEREL İLKEM EMRAH,TOKSOY ÖNER EBRU,Kırdar Betül,YILDIRIM RAMAZAN, Yayın Yeri: Biochemical Engineering Journal, 2006

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Effect of bioprocess conditions on growth and alkaline protease production by halotolerant Bacillus licheniformis BA17

    NİKEREL İLKEM EMRAH,ATEŞ DURU ÖZLEM,TOKSOY ÖNER EBRU, Yayın Yeri: Applied Biochemistry and Microbiology, 2008

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Simultaneous modeling of enzyme production and biomass growth in recombinant Escherichia coli using artificial neural networks

    GÜNAY MEHMET ERDEM,NİKEREL İLKEM EMRAH,TOKSOY ÖNER EBRU,Kırdar Betül,YILDIRIM RAMAZAN, Yayın Yeri: Biochemical Engineering Journal, 2008

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Model reduction and a priori kinetic parameter identifiability analysis using metabolome time series for metabolic reaction networks with linlog kinetics

    NİKEREL İLKEM EMRAH,van Winden Wouter,Verheijen Peter,Heijnen Joseph, Yayın Yeri: Metabolic Engineering, 2009

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Construction of kinetic models for metabolic reaction networks Lessons learned in analysing short term stimulus response data

    NİKEREL İLKEM EMRAH,Canelas André,Jol Stefan,Verheijen Peter,Heijnen Joseph, Yayın Yeri: Mathematical and Computer Modelling of Dynamical Systems, 2011

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Understanding Regulation of Metabolism through Feasibility Analysis

    NİKEREL İLKEM EMRAH,Berkhout Jan,Hu Fengyuan,Teusink Bas,Reinders Marcel,de Ridder Dick, Yayın Yeri: PLoS ONE, 2012

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • How Biochemical Constraints of Cellular Growth Shape Evolutionary Adaptations in Metabolism

    Berkhout Jan,Bosdriesz Evert,NİKEREL İLKEM EMRAH,Molenaar Douwe,de Ridder Dick,Teusink Bas,Bruggeman Frank, Yayın Yeri: Genetics, 2013

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Evaluation of metabolite extraction protocols and determination ofphysiological response to drought stress via reporter metabolites in model plant Brachypodium distachyon

    TATLI ÖZGE,NİKEREL İLKEM EMRAH,ÖZDEMİR Bahar SOĞUTMAZ, Yayın Yeri: TURKISH JOURNAL OF BOTANY, 2015

    Uluslararası Hakemli SCI-Expanded Özgün Makale

  • Integrating Personalized Genomics To Turkish Health Care System: A Cancer Oriented Pilot Activity of Istanbul Northern Anatolian Public Hospitals with GLAB

    DOĞANAY HAMDİ LEVENT,ÖZDİL KAMİL,MEMİŞOĞLU KEMAL,KATRİNLİ ŞEYMA,KARAKOÇ EMRE,NİKEREL İLKEM EMRAH,DİNLER DOĞANAY GİZEM, Yayın Yeri: Northern Clinics of Istanbul, 2017

    Uluslararası Hakemli TR DİZİN Editöre Mektup

  • Draft Genome Sequence of Magnesium-Dissolving Lactococcus garvieae A1, Isolated from Soil

    Altın Gonca,NİKEREL İLKEM EMRAH,ŞAHİN FİKRETTİN, Yayın Yeri: Genome Announcements, 2017

    Uluslararası Hakemli SCI Kısa Makale

  • A new hope for obesity management: Boron inhibits adipogenesis in progenitor cells through the Wnt/β-catenin pathway

    DOĞAN AYŞEGÜL,Demirci Selami,Apdik Hüseyin,BAYRAK ÖMER FARUK,Gulluoglu Şükrü,Tüysüz Emre Can,Gusev Oleg,Rizvanov Albert A,NİKEREL İLKEM EMRAH,ŞAHİN FİKRETTİN, Yayın Yeri: Metabolism, 2017

    Uluslararası Hakemli SCI-Expanded Özgün Makale

  • Comparative differences between T1a/b and T1e/m as substages in T1 urothelial carcinoma of the bladder

    TURAN TURGAY,EFİLOĞLU ÖZGÜR,GÜNAYDIN BİLAL,ÖZKANLI SIDIKA ŞEYMA,NİKEREL İLKEM EMRAH,ATIŞ RAMAZAN GÖKHAN,ÇAŞKURLU TURHAN,YILDIRIM ASIF, Yayın Yeri: International braz j urol, 2018

    Uluslararası Hakemli SCI-Expanded Özgün Makale

  • SOLID STATE FERMENTATION FOR ENZYME PRODUCTION FOR FOOD INDUSTRY

    Hyseni Bahtir,AYTEKİN ALİ ÖZHAN,NİKEREL İLKEM EMRAH, Yayın Yeri: Journal of Microbiology, Biotechnology and Food Sciences, 2018

    Uluslararası Hakemli SCI Derleme Makale

  • Genome-Scale Metabolic Model of a Microbial Cell Factory (Brevibacillus thermoruber 423) with Multi-Industry Potentials for Exopolysaccharide Production

    Yıldız Yaşar Songül,NİKEREL İLKEM EMRAH,TOKSOY ÖNER EBRU, Yayın Yeri: OMICS: A Journal of Integrative Biology, 2019

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Characterization of Highly Active Keratinase Procuder Bacillus cereus KK69 for Biological Degradation of Feather Waste

    Kaya Kerem,NİKEREL İLKEM EMRAH, Yayın Yeri: Journal of Environmental Treatment Techniques, 2019

    Uluslararası Hakemli Scopus, Google Scholar, Scimago Journal Country Rank Özgün Makale

  • RELATIONSHIP BETWEEN CHROMOSOMAL ABERRATIONS AND GENE EXPRESSIONS IN THE p53 PATHWAY IN CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA

    Oztan G.,Aktan M.,Palanduz S.,Issever H.,Ozturk S.,NİKEREL İLKEM EMRAH,Ucur A.,Bagatir G.,Bayrak A.,Cefle K., Yayın Yeri: BALKAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS, 2020

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Dynamic co-culture metabolic models reveal the fermentation dynamics, metabolic capacities and interplays of cheese starter cultures

    Ozcan Emrah,Seven Merve,Sirin Burcu,ÇAKIR TUNAHAN,NİKEREL İLKEM EMRAH,Teusink Bas,TOKSOY ÖNER EBRU, Yayın Yeri: BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING, 2020

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Isolation and Characterization of Microorganisms for Protease Production from SoilSamples from Kosovo and Testing the Enzymes in Food Industry Application

    Hyseni Bahtir,Ferati Flora,Rexhepi Fatos,Morina Rifat,Baliu Ylberine,Hyseni Shkelqim,Rushiti Aida,Hajdini Sabri,NİKEREL İLKEM EMRAH, Yayın Yeri: Journal of Environmental Treatment Techniques, 2020

    Uluslararası Hakemli Scopus Google Scholar Özgün Makale

  • A generalized reference state extends the applicability of approximative kinetics in metabolic engineering

    NİKEREL İLKEM EMRAH,Verheijen Peter,Heijnen Joseph, Yayın Yeri: Journal of Chemical Technology Biotechnology, 2012

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Black-box kinetic modeling of growth and citric acid production and estimation of ATP maintenance parameters for Candida oleophila ATCC20177

    Tanıl Ezgi,NİKEREL İLKEM EMRAH, Yayın Yeri: BIOTECHNOLOGY AND APPLIED BIOCHEMISTRY, 2020

    Uluslararası Hakemli SCI Özgün Makale

  • Comparative differences between T1a/b and T1e/m as substages in T1 urothelial carcinoma of the bladder.

    Turan Turgay,Efiloğlu Özgür,Günaydin Bilal,Özkanli Şeyma,NİKEREL İLKEM EMRAH,Atiş Gökhan,ÇAŞKURLU TURHAN,YILDIRIM ASIF, Yayın Yeri: International braz j urol : official journal of the Brazilian Society of Urology, 2017

    Uluslararası Hakemli SCI-Expanded Özgün Makale

  • Comparative differences between T1a/b and T1e/m as substages in T1 urothelial carcinoma of the bladder.

    TURAN TURGAY,EFİLOĞLU ÖZGÜR,GÜNAYDIN BİLAL,ÖZKANLI SIDIKA ŞEYMA,NİKEREL İLKEM EMRAH,ATIŞ RAMAZAN GÖKHAN,ÇAŞKURLU TURHAN,YILDIRIM ASIF, Yayın Yeri: International braz j urol : official journal of the Brazilian Society of Urology, 2018

    Uluslararası Hakemli SCI-Expanded Özgün Makale
Bildiriler

  • Top-down meets bottom-up: exploring design principles of metabolism using the feasibility concept

    NİKEREL İLKEM EMRAH,Berkhout Jan,Reinders Marcel,Teusink Bas,de Ridder Dick(31.10.2011), Yayın Yeri: NCSB 2011 Symposium The Full Systems Biology Cycle,

    Uluslararası Özet bildiri

  • Biyotabanlı ekonominin piyonları enzimler: üretimdeki zorluklar, önerilen çözümler

    NİKEREL İLKEM EMRAH(05.10.2017), Yayın Yeri: 6. ULUSAL MOLEKÜLER BIYOLOJI VE BIYOTEKNOLOJI KONGRESI,

    Ulusal Özet bildiri

  • Aggregation and Integration for Systems Biology models

    NİKEREL İLKEM EMRAH(03.10.2018), Yayın Yeri: International Conference on Applied Mathematics, Modeling and Life Science, ICAML 18,

    Uluslararası Özet bildiri

  • World of Small Molecules in Non-Conventional Yeasts

    Şirin Burcu,NİKEREL İLKEM EMRAH(21.10.2019), Yayın Yeri: The 35th International Specialized Symposium on Yeasts (ISSY 35),

    Uluslararası Özet bildiri

  • Influence of Initial Lactic Acid Concentration On Succinic Acid ‎Production

    Yağcıoğlu Meltem,Omwene Philip Isaac,KERİŞ ŞEN ÜLKER DİLER,KARAGÜNDÜZ AHMET,NİKEREL İLKEM EMRAH,AKYOL ABDURRAHMAN,KESKİNLER BÜLENT,TOPAÇ ŞAĞBAN FATMA OLCAY,ERTAN FATMA(06.05.2019), Yayın Yeri: 2nd International Conference on Water Problems in the Mediterranean Countries (WPMC 2019),

    Uluslararası Özet bildiri

  • Physiological Impact of Salinity Stress on Two Closely Related Species: Model Plant Brachypodium distachyon and Common Wheat Triticum aestivum

    EROĞLU ÇAĞLA GÖRKEM,YILMAZ EBRU,AKYÜREK OKTAY,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR(11.09.2017), Yayın Yeri: International Green Biotechnology Congress, Istanbul, Turkey,

    Uluslararası Özet bildiri

  • The Effect of Different Growth Media on Recombinant Phytase Production in Bacillus subtilis

    İŞLEYEN KAYA,ERÇELİK FİLİZ,IŞIK ZEYNEP,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR,NİKEREL İLKEM EMRAH(05.10.2017), Yayın Yeri: 6th National Molecular Biology and Biotechnology Congress, Adana, Turkey,

    Ulusal Özet bildiri

  • Effects of Drought and Salt Stress on Amino Acid Metabolism in Model Plant Brachypodium distachyon

    YILMAZ EBRU,NİKEREL İLKEM EMRAH,SOĞUTMAZ ÖZDEMİR BAHAR(05.10.2017), Yayın Yeri: 6th National Molecular Biology and Biotechnology Congress, Adana, Turkey,

    Ulusal Özet bildiri

  • Identification of cardiogenic factors modulated during neonatal cardiac regeneration

    KOCABAŞ FATİH,NİKEREL İLKEM EMRAH,USLU ÜNAL,YILMAZ BAYRAM(20.04.2018), Yayın Yeri: CARDIOVASCULAR RESEARCH,

    Uluslararası Özet bildiri

  • Genome-scale metabolic model reconstruction of Brevibacillus thermoruber 423

    YAŞAR YILDIZ SONGÜL,NİKEREL İLKEM EMRAH,TOKSOY ÖNER EBRU(16.09.2018), Yayın Yeri: 12th Internatonal Congress of Extremophiles,

    Uluslararası Tam metin bildiri

  • Tailor made heteropolysaccharide biosynthesis by Brevibacillus thermoruber 423

    YAŞAR YILDIZ SONGÜL,NİKEREL İLKEM EMRAH,TOKSOY ÖNER EBRU(02.07.2017), Yayın Yeri: 19th European Carbohydrate Symposium (EUROCARB 19),

    Uluslararası Özet bildiri

  • Tailor Made Heteropolysaccharide Biosynthesis by Brevibacillus thermoruber 423

    YAŞAR YILDIZ SONGÜL,NİKEREL İLKEM EMRAH,TOKSOY ÖNER EBRU(02.07.2017), Yayın Yeri: 19th European Carbohydrate Symposium EUROCARB,

    Uluslararası Özet bildiri

  • Metabolic Capacities of Lactic Acid Bacteria in Cheese Starter Cultures Grown in Pure and Co-Cultures

    ÖZCAN EMRAH,NİKEREL İLKEM EMRAH,ÇAKIR TUNAHAN,TOKSOY ÖNER EBRU(27.08.2017), Yayın Yeri: 12th International Symposium on Lactic Acid Bacteria,

    Uluslararası Özet bildiri
Projeler

  • Yüksek performanslı mikroorganizmalar elde etmede zayıf aside tolerans mekanizmalarının rolünün hesapsal sistem biyolojisi bakısı ile analizi

    YEDİTEPE ÜNİVERSİTESİ TÜBİTAK PROJESİ Tamamlandı 01.01.2014-31.12.2015 , 103000 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Yürütücü

    Projedeki Ünvan: DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ

  • Gıda ve Yem sanayisinde kullanılan önemli enzimlerin ticari üretimi

    Diğer kamu kuruluşları (Yükseköğretim Kurumları hariç) Tamamlandı 01.10.2018- , 1999180 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Yürütücü

  • Engineering fermentation strategies using non-conventional yeast to scale-upfunctional food production

    YEDİTEPE ÜNİVERSİTESİ Diğer (Uluslararası) Devam Ediyor 01.04.2020- , 90144 EURO

    Projedeki Görev: Yürütücü

    Projedeki Ünvan: DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ

  • Kişiselleştirilmiş tıp odaklı, Transkriptom ve Metabolom verilerinin Genom Ölçekli Metabolizma Modelleri ile Bütünleştirilmesi ve Bunların Makine Öğrenmesi ile Akciğer kanserinde tanı, evrelendirme ve alt-tipleme için kullanılması

    YEDİTEPE ÜNİVERSİTESİ Diğer (Ulusal) Devam Ediyor 27.04.2020- , 260000 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Yürütücü

    Projedeki Ünvan: DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ

  • Viral OTU-benzeri yeni parazit proteinlerinin karakterizasyonu

    -Tübitak 1001 Tamamlandı 15.04.2017-15.10.2019 , 420300 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Danışman

  • Applied training on DNA barcoding of plants to build expertise for taxonomic analysis

    Diğer Resmi Kurum ve Kuruluşlar Tamamlandı 01.05.2018-01.12.2019 , 30000 DOLAR

    Projedeki Görev: Eğitmen

  • Türkiye Tohum Gen Bankası Ulusal DNA Barkodlama Projesi

    YEDİTEPE ÜNİVERSİTESİ Diğer kamu kuruluşları (Yükseköğretim Kurumları hariç) Devam Ediyor 01.01.2017- , 150000 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Araştırmacı

    Projedeki Ünvan: DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ

  • Türkiye’nin Farklı Ekolojilerine Uygun Kinova (Chenopodium quinua Willd.) Çeşitlerinin Belirlenmesinde Biyoteknolojik Yaklaşımlar

    Diğer kamu kuruluşları (Yükseköğretim Kurumları hariç) Tamamlandı 01.09.2016-01.09.2019 , 216000 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Araştırmacı

  • Türkiye’nin stratejik bitkisi fındıkta doku kültürü çalışmaları

    Diğer kamu kuruluşları (Yükseköğretim Kurumları hariç) Tamamlandı 01.10.2015-01.10.2019 , 135000 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Araştırmacı

  • Gıda ve Yem sanayisinde kullanılan enzimlerin pilot ölçekte üretimi

    Diğer (Ulusal) Tamamlandı 01.09.2018-01.09.2021 , 1999000 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Yürütücü

  • Kanser Odaklı Veri Çözümleme, Genomik Analiz, AR-GE ve Genombilim Eğitimi Yönünde Kapasite Arttırma Projesi, Kansere ÇAARE

    Kalkınma Bakanlığı Tamamlandı 01.12.2016-31.01.2018 , 1680000 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Araştırmacı

  • 115Y824-Süt Endüstrisi atık sularından katma değeri yüksek PAS proteini ve süksinik asit üretimi ile enerji ve su kazanımı için entegre proses geliştirilmesi

    -Tübitak 1003 Tamamlandı 15.09.2017-15.02.2021 , 2.391.207,76 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Araştırmacı

  • Yüksek performanslı mikroorganizmalar elde etmede zayıf aside tolerans mekanizmalarının rolünün hesapsal sistem biyolojisi bakışı ile analizi

    YEDİTEPE ÜNİVERSİTESİ TÜBİTAK PROJESİ Tamamlandı 01.01.2014-31.12.2015 , 25000 TÜRK LİRASI

    Projedeki Görev: Yürütücü

    Projedeki Ünvan: DOKTOR ÖĞRETİM ÜYESİ

Dersler

DönemDers AdıDiliSaat
2018-2019GBE 361 TRANSPORT OLAYLARI Iİngilizce4
2017-2018GBE 361 TRANSPORT OLAYLARI Iİngilizce4
2016-2017GBE 361 TRANSPORT OLAYLARI Iİngilizce4
2018-2019CHBE 215 Madde ve Enerji Denklikleriİngilizce4
2019-2020GBE222 BİYOMETRİ: BİYOMÜHENDİSLİK UYGULAMALARI İÇİN NÜMERİK VE İSTATİKSEL YÖNTEMLERİngilizce4
2016-2017GBE222 BİYOMETRİ: BİYOMÜHENDİSLİK UYGULAMALARI İÇİN NÜMERİK VE İSTATİKSEL YÖNTEMLERİngilizce4
2019-2020GBE 361 TRANSPORT OLAYLARIİngilizce4
2016-2017GBE 444 BİYOİNFORMATİKİngilizce3
2018-2019FdE 211 Gıda Mühendisliğinde Kütle ve Enerji Denklikleriİngilizce4
2017-2018FdE 211 Gıda Mühendisliğinde Kütle ve Enerji Denklikleriİngilizce4
2016-2017FdE 211 Gıda Mühendisliğinde Kütle ve Enerji Denklikleriİngilizce4
2018-2019GBE 444 Biyoinformatikİngilizce3
2017-2018GBE 444 Biyoinformatikİngilizce3
2015-2016GBE326 Deneysel Genetik ve Biyomühendislik I: İlkelerİngilizce4
2016-2017GBE326 Deneysel Genetik ve Biyomühendislik I: İlkelerİngilizce4
2016-2017GBE 362 Transport Olayları IIİngilizce4
2015-2016GBE 362 Transport Olayları IIİngilizce4
2018-2019GBE222 Biyometri: Biyomühendislik Uygulamaları için Nümerik ve İstatiksel Yöntemlerİngilizce4
2017-2018GBE222 Biyometri: Biyomühendislik Uygulamaları için Nümerik ve İstatiksel Yöntemlerİngilizce4
2015-2016GBE 361 Transport Olayları Iİngilizce4
2014-2015GBE 361 Transport Olayları Iİngilizce4
2013-2014Yapay Zekaİngilizce3
2013-2014Hesapsal Biyolojiİngilizce5
2013-2014İleri biyoinformatikİngilizce3
2013-2014Biyoinformatiğe girişİngilizce3

DönemDers AdıDiliSaat
2018-2019BTEC513 Biyoinformatiğe girişİngilizce3
2017-2018BTEC513 Biyoinformatiğe girişİngilizce3
2016-2017BTEC513 Biyoinformatiğe girişİngilizce3
2015-2016BTEC513 Biyoinformatiğe girişİngilizce3
2014-2015BTEC513 Biyoinformatiğe girişİngilizce3
2019-2020BTEC555 Biyoistatistikİngilizce3
2017-2018BTEC555 Biyoistatistikİngilizce3
2016-2017BTEC555 Biyoistatistikİngilizce3
2015-2016BTEC555 Biyoistatistikİngilizce3
2016-2017BTEC 501 Temel Biyoteknolojiİngilizce3
2015-2016BTEC 501 Temel Biyoteknolojiİngilizce3
2014-2015BTEC 501 Temel Biyoteknolojiİngilizce3
2017-2018BTEC 501 Temel Biyoteknolojiİngilizce3
Yönetilen Tezler

YılHazırlayan Ad SoyadTez AdıÜniversite
2006NiekIn silico analysis of signal transduction: The TOR caseTechnische Universiteit Delft
2007RaymondIn vivo whole-cell mathematical model for metabolic reaction network for model organism Penicillium chrysogenumTechnische Universiteit Delft
2007StefanModeling anaerobic glycolysis in S. cerevisiae: a model-based experimental design approachTechnische Universiteit Delft
2017KEREMIsolation and characterization of microorganisms with keratinolytic activity and optimization of keratinase production conditionsYeditepe Üniversitesi
2018SHEYDADevelopment and scale-down of enzyme analysis methods for high throughput screening of important soil enzymesYeditepe Üniversitesi
2019MUSTAFA ERHANDevelopment of spatiotemporal model of growth and proliferation in fungi with kinetics of intracellular metabolismYeditepe Üniversitesi
2019GÜLŞAHRecombinant production of pectinolytic enzymes in pichia pastoris and process optimization for food industryYeditepe Üniversitesi
2019EZGİBlack box kinetic modeling of growth and citric acid production by Candida oleophila ATCC20177Yeditepe Üniversitesi
2021DİLARASolanesol production from Nicotiana tabacum cv. Xanthi cell suspension culture and process scale-upYeditepe Üniversitesi
2021ÖZGÜRGame theoretical analysis of cooperation and cheating among lipase producing Yarrowia lipolytica sub-culturesYeditepe Üniversitesi
2019ÜLKERReconstruction and validation of genome-scale metabolicmodel for Gluconacetobacter diazotrophicus; a plant growthpromoting bacteriumYeditepe Üniversitesi
2020GİZEM MELİSFluxomic analysis of central carbon metabolism in Actinobacillus succinogenes using chemostat culturesYeditepe Üniversitesi
2021DERYADesign of artificial bacteria-yeast consortia for production of protease, amylase, and lipase & optimization of process conditionsYeditepe Üniversitesi
2022DAMLADesign and optimization of postbiotics production using probiotic co-culturesYeditepe Üniversitesi

YılHazırlayan Ad SoyadTez AdıÜniversite
2022BURCUSystems biology approach for quantitative analysis of glutathione metabolism in non-conventional yeastsYeditepe Üniversitesi
2019KEREMProcess Intensification for Fermentative Production of Succinic Acid from Dairy Industry WasteYeditepe Üniversitesi
2022FİLİZMaking use of synthetic biology toolbox for industrial biotechnology applications: The case of enzyme productionYeditepe Üniversitesi
2022HURİYEIdentification of processed pseudogenes involved in resistance mechanism against biotic stress in Oryza sativa using RNA-seq dataYeditepe Üniversitesi
2021BAHTIR HYSENIProduction of enzymes for food industry via solid state fermentation and optimization of process conditionsYeditepe Üniversitesi
2020NESLİHANProduction of Rare Sugars and Oligosaccharides From Food Processing Wastes by Cryogel Column Enyme ReactorYeditepe Üniversitesi
2021SHEYDAMetabolic Engineering of Actinobacillus succinogenes to Enhance Fermentation of Delactosed Whey to Succinic acidYeditepe Üniversitesi
2021EZGİData-driven Construction of Large Scale Metabolic Models of Industrially Important Microorganisms to Analyze Oxidative Stress ResponseYeditepe Üniversitesi
2022ELMIRACharacterizationn and Anti-cancer Activity of Potential Probiotic Strains in Colorectal CancerYeditepe Üniversitesi
2022NEHİRHandling low sample systems by statistical analysis, machine learning and information theory: A rare cancer case studyYeditepe Üniversitesi
2023SELENSewage-Driven Polyhydroxybutyrates (PHBs) Scale-Up with Chlorella vulgaris through Nitrogen Removal for Cellulose infused Film SynthesisYeditepe Üniversitesi
Üniversite Dışı Deneyim

  • DSM Biotechnology Center

    Endüstriyel Biyoteknoloji alanında ArGe aktivitelerine hizmet

    2012 Diğer
×

Ne aramıştınız?